了两个时辰之后，原本决心利用这个机会一举击败英国远征舰队的朱永华，开始意识到自己的想法实在是有些幼稚了，英国人毕竟是海军强国，这绝不是几十颗水雷，也不是年轻的帝国水师所能比得上的，突围而出的英国水师已经不是帝国水师所能应付的了，只能眼睁睁的看着英国人大摇大摆的离去，派出小艇搜救落水水师官兵，打扫完战场后也撤回马尾军港紧急抢修破损的战舰。
南海海战英法联军损失战列舰四艘，巡洋舰十三艘，而帝国水师也被击沉六艘，其中六艘巡洋舰仅存“太安”舰一艘，连战列舰“济远”也永远的沉没在南海海底。单从双方的损失来看，英法联军损失远远超过帝国水师，但实际上胜负之数实在难以评说，对于海军强国大英帝国来说，沉没十七艘战舰真是九牛一毛，他们随时可以增调更多的战舰来补充，帝国水师就不同了，虽然损失不到英法联军的一半，却是帝国水师一半的家底，最令人痛心的是皇上花费近十年心血培养的海军人材损失惨重，仅仅是军校生就阵亡了近147人，这场海战固然打击了英国舰队的气势，可接下来的海战凭着仅存的战舰却如何继续维持？南海海战也许将成为帝国水师最辉煌，也是最后一次的辉煌了，原想出奇制胜的朱永华深感有负皇帝期望，回到马尾军港后，朱永华立刻上奏请罪，他非常清楚，年轻的皇帝可以接受战船的损失，但是他却无法接受数百名海军官兵的牺牲，甚至连他自己也深感痛心，这场海战唯一令他后悔的就是在最后时刻，他不该心存侥幸，让黄春生带领四艘巡洋舰去送死，作为一名指挥官来说，一个错误的决定却搭上了几百条忠勇将士的性命，这是不可原谅的。
而他所料不错，接到朱永华奏报的王财果然大怒，只不过大怒的原因朱永华却算错了。原来拿着朱永华奏书的驿兵一路之上居然大叫着“水师败绩”，从马尾六百里跑到京师，在皇上看来这次海战虽然不能说是大胜，至少也是惨胜，大战之时更需要稳定民心，该死的驿兵居然如此大叫，那可不是动摇民众的决心吗？当时就下令把送奏的驿兵给斩了，同时王财还下令大肆宣扬“南海海战，水师大胜”的消息，为了鼓励作战勇敢的水师官兵，王财特旨下令传诏嘉奖所有参战官兵，所有战死的将士抚恤从优，全部入祠国士馆英烈堂，唯有指挥官朱永华再次被调回海军部，因为王财再也不能容忍海军再有任何损失了，所有水师战舰都必须离港避战，保存实力，而接下来的海战，只能是以岸制海，换句话说就是依靠陆军在印度的军事行动来迫使英国主动的中止这场战争了，甚至王财已经隐隐约约的看到，这场中英之战最终的结果只能是两败俱伤了。