明朝终于开始转变思路，不再继续折腾渔民，而是试图打击爪哇元在中上阶层的支持者，同时开始筹建水师，准备在海上消灭敌人。
水师是十分烧钱的，而且是持续地烧钱。陆军不用时，可以屯田种地，但船就算丢那儿不用，都得频繁花钱维护。
而且，一艘船往往起不到什么作用，至少得让自己水师的规模和敌人差距不太大，才会产生价值。一次的投入，不是一条战船，而是一整个船队。
所以，中原王朝对此往往热情都不高。
扩建水师往往只在两种情况下可行：要么，敌人造成的损失太大，已经远超水师的高昂费用。要么，就是水师带来的收益很高，让这些成本可以忍受。
明朝是被迫接受了前者。但当水师建立起来，并且因为战争，需要长期维持的时候，追求后者，以降低财政压力，就变得理所当然了。
实际上，远洋商路不仅对紫帐重要，对任何一个国家，都是巨大的财源。明朝虽然是各种精工商品的原产地，看起来十分富饶，但这么一大笔税收，对他们来说也不是个小数字。这些利益，吃不到的时候觉得无所谓，一旦体验了两回，就不想放手了。
第二轮战争主要在海上进行，虽然规模不如上一次，但涉及的范围更大。爪哇元和明朝的水师，从琉球打到满剌加，整个南洋都变成了战场。
明朝一度在满剌加筑城驻军，试图卡住海峡，切断爪哇元的贸易通道，困死他们。爪哇元则一边绕向南方，寻找新航线，一边与帖木儿帝国结盟，打跑了明军，夺回据点。而几年之后，明军又从交趾乘船南下，试图再次争夺贸易线……
零零散散的战斗，一直持续到朱元璋去世，才告一段落。然而消停了没几年，继任的天平皇帝朱标又发动了新的战争，试图从吕宋岛下手，双方再次打成一锅粥。严格来说，这一轮一直持续到现在，都没算结束。