在这事之后，林丹汗甚至怀疑起了锡尔呼纳克杜棱洪台吉，觉得炒花之所以会和努尔哈赤联盟，弄不好背后有锡尔呼纳克杜棱洪台吉的影子在，也许锡尔呼纳克杜棱洪台吉已经瞒着自己私下和努尔哈赤眉来眼去，这才是内喀尔喀背叛自己的真正原因。
因为炒花的事，林丹汗对锡尔呼纳克杜棱洪台吉起了疑心，这个疑心在后来攻击内喀尔部无功而返后越来越重，林丹汗不仅认为攻打内喀尔部落失败和锡尔呼纳克杜棱洪台吉有关，之后又在攻打科尔沁失败后，还认为锡尔呼纳克杜棱洪台吉和科尔沁方面同样也有勾结。
半年前，林丹汗就准备向锡尔呼纳克杜棱洪台吉下手了，打算在必要的时候采取措施。所谓的“必要措施”只是委婉的说法，按照阿失帖木儿的判断，这个必要措施无非就是两种，一种是把锡尔呼纳克杜棱洪台吉抓起来关押废除他的官职和台吉，第二种就是直接动手杀掉。
锡尔呼纳克杜棱洪台吉又不傻，他已经察觉到了林丹汗对自己的疑心，自然不肯坐以待毙。除去这些矛盾外，还有着宗教上的矛盾，林丹汗继位以来皈依红教，一向以红教教徒自居。但在蒙古本部包括蒙古各部落，大多信奉的又是黄教，宗教这种玩意向来就是水火不容的，一个信奉红教的大汗却领导一群信奉黄教的各蒙古部落，其中不产生矛盾才怪了呢。
随着时间的推移，林丹汗决定正式对锡尔呼纳克杜棱洪台吉下手，可没想到就在他准备下手的时候蒙古内部居然有人私下把这个事告诉了锡尔呼纳克杜棱洪台吉。
得知消息，不肯坐以待毙的锡尔呼纳克杜棱洪台吉马上就做出了决定，直接带着直属三千户脱离蒙古本部，向东进入内喀尔喀草原，投奔努尔哈赤去了。
当林丹汗知道这消息时已经晚了，锡尔呼纳克杜棱洪台吉和他的人不仅离开了蒙古本部，都已经跑到辽阳了。闻讯后林丹汗勃然大怒，在金账痛骂锡尔呼纳克杜棱洪台吉，要出兵拿下内喀尔喀草原，顺势联合大明向努尔哈赤正式开战。
可还没等林丹汗准备聚兵呢，接着又接连出了几件事，更给这位志大才疏的蒙古大汗狠狠一击。
就在锡尔呼纳克杜棱洪台吉脱离蒙古本部后不久，内喀尔喀拉巴什希布、索诺木、莽果、达赖台吉等也各率所属五百户投奔了辽阳城，成了努尔哈赤部下。
此外，乌珠穆沁部翁衮都喇尔子多尔济车臣济农与其叔之子塞棱额尔德尼台吉也因与林丹汗不和，率部投奔了漠北外喀尔喀。苏尼特部素塞巴图噜济农、浩齐特部策凌伊尔登、阿巴噶部都思噶尔札萨克图济农各率所部，也投奔了漠北……。
一时间蒙古本部摇摇欲坠，诸多部落一个接着一个脱离林丹汗而去，背叛了他这个大汗，蒙古内部因此发生了巨大震动，林丹汗被这一件接着一件破事给弄得焦头烂额。