比和谐了，为了照顾华飞这个安徽光复的功勋，大多数议员都表示，华飞依然会担任独立政府的军政长。
但仅仅这样可不行，华飞提出，全国并未完全光复，内有顽固势力的反击，外有英法美德俄日等帝国的威胁。所以当前安徽的第一要务，除了迅展民生外，还必须稳固地扩充军力。而要扩充军力，必须要有足够的财力支持。所以华飞提出需要安徽整个财政收入的三成充为军资。
安徽整省财政收入的三成？整个安徽才有多少财政收入？你到底要扩充多少军力啊！所以华飞刚一开口，立即就遭到几乎所有人的婉拒。什么华师长士卒勇悍，以一敌十。仅凭二千新军，就攻打下拥有数万守军的南京城。什么华师长文韬武略，声震大江南北，任谁敢犯安徽，只要华师长打个电报过去，对方就会害怕的立马退兵。如此奉承华飞，就是一个意思，想要三成财政收入？绝对不可能。
要求被婉拒，华飞倒也不恼，这些本就在意料之中。议会选举很快产生结果，最终选举孙毓筠为安徽独立政府都督，独立政府下设军、民、财、教育四司。军政长为华飞，民政长为洪思亮，财政长为史推思，教育长为邓艺孙。
在孙毓筠到任前的这些天，华飞迅开始了他筹谋已久的军队编制改革。更名安徽革命新军第一师为中华革命军第一军，设立革命军军部。军部下设人员组织办公室，负责人事文职人员管理。武器装备办公室，主要管理武器装备和军需的维护及生产采购。情报统计部，负责情报的侦察搜集和分析。作战参谋办公室，负责作战计划的制定和执行，作战参谋办公室下辖6军处，空军处，海军处，新军训练处及后勤保障处。军法军纪办公室，组建一支宪兵队，负责军纪的监察和军法维护。另外如毒人特工队等特种部队，属于华飞直接统帅的秘密武力，不在军部的统辖之内。
6军处下辖中华革命新军二个团，准备扩充一个团，组成三个团的6军主战精锐部队。另辖革命保卫军四个团，准备扩充二个团，组成六个团的6军预备役部队，协助主战部队作战兼作地方防守力量。另辖青年军二个团，都是各地投奔的热血青年组成，主要以培养为主，经过一定的锻炼后，分别编入各军及军部，乃至安插到民政财政等司，培养储备自己的行政人才。
主力新军清一色的美式装备，斯普林菲尔德m1o3式步枪，勃朗宁手枪，57mm轻型火炮，强大的马克沁重机枪，全部配备给主力新军。另外在薪俸的划分上，主力新军也明显高于其他部队。最低的基本月晌，也从原来的五元提高到八元。
作为预备役的保卫军，其装备大都是各地军械
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