洋舰队负责支援与配合。西洋战区司令部负责西洋地区的军事管理主要由西洋舰队配合。大西洋战区司令部则负责大西洋战区的管理由大西洋舰队配合（后来也分成了南大西洋与北大西洋两大战区）。
可以看得出来这五大舰队与五大战区实际上是基本上重合的都有所归属的舰队以及所管理的地区。而且从整套机构来说战区司令部其实就已经具备了一定的行政职能其管理权在很多时候其实体现的是帝国中央政府的行政管理而不是军事管理。虽然这套管理体系稍微显得有点复杂不过对于当时的帝国海军所担任的角色来讲这却是非常有必要的而且到了数百年之后战区体系以及舰队体系已经成为了明帝国对海外地区统治的标准方式并且以此强化了帝国海军在海外作战方面的强大优势！
为了增强帝国海军的这一优势朱祁钰还在五大舰队司令部下面单独设置了五大6战队司令部兰从指挥权限上讲6战队司令部是隶属于舰队司令部的一般的情况下6战队的司令官都将担任舰队副司令并且负责全权指挥远洋地区的地面作战行动。而这一配制也极大地增强了海军在远洋地区的作战能力并且在很大的程度上摆脱了对6军的依赖性。除了大规模的全面战争之外海军完全可以利用6战队与舰队应付各种规模的冲突而让6军没有插手的机会！
除了6战队司令部之外在各大舰队还分别设置了后勤保障司令部同时在海军司令部下也设了相应的机构。这也是海军的另外一大特点。6军的后勤保障是集体调配的往往要集中所有的后勤部队来保障一个重要方向上的作战行动。相反海军的后勤保障部队是属于各个舰队单独调配的并且能够在该舰队的方向上为舰队作战提供足够的支持。当然也因为各大舰队所行动的区域离帝国本土的距离或者是离后勤物资储备地点的远近而配属了不同数量的运输船队。另外海军司令部下属的后勤保障司令部则负责向各大战区运送作战物资以此形成了两级后勤保障体系以求尽量减少运输船只尽量合理地使用运输船只！
朱祁钰为了建立起这一整套的海军体系花费了巨大的功夫。这也完全体现出了海军的侧重点。与6军不同6军往往是以卫戍为主的特别是在大规模战争结束之后6军军团的卫戍任务是非常重要的。相反海军因为其作战行动的特殊性所以其卫戍任务并不是最重要的其根本仍然是作战行动。也正是如此所以海军在整体编制方面都侧重于作战行动一切都以挥海军舰队以及6战队的战斗力为主！
当然海军本身的局限性决定了即使皇帝为海军制订好了这套完善的在当时甚至可以说是完美的编制体系不过因为缺乏足够的优秀人员所以帝国海军用了足足十多年的时间才最终建立起了这套完善的指挥与管理体系。可以说在当时帝国海军缺少的就是人才只要有足够的人才帝国海军就能在这套完善的指挥与管理体系中挥出强大的战斗力来！
两年后第一个成立的大西洋战区司令部以及大西洋舰队的出现就编制着帝国海军开始向着这套指挥体系前进并且通过逐步的改革开始完善指挥系统。当然也正是从那个时候开始帝国海军成为了一支真正独立的军种并且为帝国的海外殖民以及开拓海外领地为帝国建立起全球性的殖民的体系立下了汗马功劳。也正是如此在朱祁钰时代的后期明帝国才第一次被称为了“日不落帝国”成为了真正意义上的全球性帝国一个强大到足以统治全世界并且战胜了每一个强大敌人的强大帝国！