在原始社会中，先民常用某种动物、植物、无生物或某一自然现象的图形作为本氏族的保护神和标志，即称之为图腾。《山海经》中所记述的诸如人面马身、人面牛身、人面羊身等神抵形象，就是远古时代各个地区的图腾神。[8]?一般认为。夏族的图腾是熊或鱼，商族的图腾是玄鸟，周族的图腾则有龙、鸟、龟、犬、虎诸说，不一而足。[9]?纵观十二生肖，除龙为虚幻之物，其他十种皆是人们日常所不难见到的。这其中有可分为两类，即“六畜”（马牛羊鸡狗猪）和“六兽”（鼠虎兔龙蛇猴），前者是人们为了经济目的而驯养的兽类和鸟类，后者则是与人类联系密切。一定程度骚扰人类生活，先民对其心生畏惧的动物。[10]?因此人们把这些动物作为本氏族的名号、标记，进行祭拜、崇拜。
民族学学者刘尧汉从彝族的原始图腾遗迹，反推所谓“十二兽”历法的来源。桂西彝和毛道彝的十二兽历法不约而同地皆将人与纪历十二兽同列，认为“是原始人人兽不分的思想意识在现实的遗留”。至今我国彝族仍用十二兽历纪日并且具体用于集市、集场之名（如虎街、兔街）的习俗。[11]?《史记.五帝本纪》记述黄帝“教熊罴貔貅躯虎,以与炎帝战于阪泉之野”，文中所言是各部落图腾的名称。绝非真有降龙伏虎的本事。十二生肖来源于原始社会的图腾崇拜，并非无稽之谈。
外来说
郭沫若有《释干支》一文。他认为中国的十二生肖源于巴比伦人的黄道十二宫，具体途径就是汉代西域诸国仿照十二宫而造十二生肖。[12]?而古希腊、古埃及、巴比伦等古国。也有类似的十二生肖，只是动物不同，由此证明中国的十二生肖也许并非首创。但随着秦简的出土，该说法不攻自破，且世界各国都出现类似的动物崇拜，反过来加强了图腾说的合理性。
我国古籍中记载，古代的中原地区，最初使用的是“干支纪年法”。同时，也有采用地支配合
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