司马迁的外孙杨恽开始把该书内容向社会传播，但是篇幅流传不多。很快就因为杨恽遇害中止。
《史记》成书后，由于它“是非颇谬于圣人，论大道则先黄老而后六经。序游侠则退处士而进奸雄，述货殖则崇势利而羞贱贫，此其所蔽也。”（《汉书.司马迁传》），被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表。因此。在两汉时。《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”，不但得不到应有的公正评价，而且当时学者也不敢为之作注释。
在西汉即使诸侯都没有全版的《太史公书》，东平王向朝廷要求赏赐宫廷中的《太史公书》也遭到拒绝。因为《史记》中有大量宫廷秘事，西汉严禁泄露宫廷语，因此只有宫廷人员才能接触到该书。汉宣帝时褚少孙在宫廷中阅读该书，其中已经有些篇幅不对宫廷官员开放，到班固父子时。宣称缺少了十篇，班固家被皇室赐予《太史公书》副本。其中也少了十篇。
东汉朝廷也曾下诏删节和续补《史记》。《后汉书.杨终传》云，杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。表明东汉皇室依然不愿全部公开《史记》，只让杨终删为十多万字发表。被删后仅十余万言的《史记》，在汉以后即失传，以后一直流传的是经续补的《史记》。
唐初，《隋书.经籍志》在介绍《史记》、《汉书》的流传时说：“《史记》传者甚微”，司马贞说“汉晋名贤未知见重。”（《史记索隐》序）
汉晋时期对《史记》也有一些积极的评价，如西汉刘向、扬雄“皆称迁有良史之材，服其善序事理，辨而不华，质而不俚，其文直，其事核，不虚美，不隐恶，故谓之实录”。（《汉书.司马迁传》）西晋华峤也说：“迁文直而事核。”（《后汉书.班彪传论》。据李贤注，此句为“华峤之辞”。）在晋代，也有人从简约的角度夸奖《史记》。张辅说：“迁之著述，辞约而事举，叙三千年事唯五十万言。”（《晋书.张辅传》）这些评价虽然不错，但在今天看来
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